Děkuji za uklidnění asi se tak skutečně stalo. Certifikát je stále stejný, takže asi nikdo, kromě mojí maličkosti, neškodil. Asi jsem to provedl už dříve ale restart SSH démona způsobil načtení a už se nenastartoval.

Už se chystá update?

Ještě malé OTčko ke konfiguraci php a MySQL. Při pokusu o připojení prostřednictvím php vypadne vždy toto (dělá to i testovací skriptík i phpMyAdmin):
Warning: mysqli::mysqli(): (HY000/2002): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/run/mysqlid.sock' (2) in xy.php on line 8
Connection failed: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/run/mysqlid.sock' (2)

Z počítače se k MySQL připojit normálně lze, přikládám konfiguráky (my.cnf a php.ini).

Přikládám ještě nastavení:
[client]
port            = 3306
socket          = /var/run/mysqld.sock

[mysqld]
user            = root
socket          = /var/run/mysqld.sock
port            = 3306
basedir         = /usr

############ Don't put this on the NAND #############
# Figure out where you are going to put the databases
# And run mysql_install_db --force
datadir         = /mnt/hdd/databaze/

######### This should also not go on the NAND #######
tmpdir          = /tmp/mysql/

skip-external-locking

#bind-address           = 127.0.0.1
#bind-address           = localhost

# Fine Tuning
key_buffer              = 16M
max_allowed_packet      = 16M
thread_stack            = 192K
thread_cache_size       = 8

# Here you can see queries with especially long duration
#log_slow_queries       = /var/log/mysql-slow.log
#long_query_time = 2
#log-queries-not-using-indexes

# The following can be used as easy to replay backup logs or for replication.
#server-id              = 1
#log_bin                = /tmp/log/mysql-bin.log
#expire_logs_days       = 10
max_binlog_size         = 10M
#binlog_do_db           = include_database_name
#binlog_ignore_db       = include_database_name

[mysqldump]
quick
quote-names
max_allowed_packet      = 16M
[mysql]
#no-auto-rehash # faster start of mysql but no tab completition
[isamchk]
key_buffer              = 16M

[MySQL]
mysql.allow_local_infile = On
mysql.allow_persistent = On
mysql.cache_size = 2000
mysql.max_persistent = -1
mysql.max_links = -1
mysql.default_port = 3306
mysql.default_socket = /var/run/mysqld.sock
mysql.default_host = 127.0.0.1
mysql.default_user = phpuzivatel
mysql.default_password =
mysql.connect_timeout = 60
mysql.trace_mode = Off

[mysqli]
mysqli.allow_local_infile = On
mysqli.allow_persistent = On
mysqli.cache_size = 2000
mysqli.max_persistent = -1
mysqli.max_links = -1
mysqli.default_port = 3306
mysqli.default_socket = /tmp/run/mysqlid.sock
mysqli.default_host = 127.0.0.1
mysqli.default_user = phpuzivatel
mysqli.default_password =
mysqli.connect_timeout = 60
mysqli.trace_mode = Off